ほこりやスギ花粉などの抗原が下甲介などの鼻の粘膜に付着すると、その抗原だけに反応するIgE抗体という物質が作られます。この状態を感作の成立と呼びます。（図1の1）
このIgE抗体が肥満細胞などのアレルギーを起こす細胞の表面に結合し、つぎに抗原が侵入すると抗原抗体反応が起こり、ヒスタミン・ロイコトリエンといった種々の化学伝達物質が放出されます。（図1の2）
これらの化学伝達物質は直接血管に作用し、血管の拡張をもたらして鼻づまりを起こすとともに、粘膜に分布する知覚神経に作用します。（図1の3）
知覚神経へと伝わった刺激は中枢（脳）を介して迷走神経を興奮させることによってくしゃみを引き起こし（図1の4）、一方では分泌神経を興奮させることによって鼻の粘膜に存在する鼻腺に作用して鼻水を出します。（図1の5）
したがって、鼻づまりは粘膜局所での反応が主であり、くしゃみの全てと鼻水の多くは神経を介した反応であると言えます。アレルギー性鼻炎ではこの局所の反応と神経を介した反応の両方が亢進していると考えられます。
